現在是移動互聯網獨立原生開發小程序的時代獨立原生開發小程序，人們的衣食住行很大程度上都會用到手機獨立原生開發小程序，所以開發手機軟件，占領手機市場，是現在很多企業和個人的優先選擇。但萬物沒有十全十美，有好的地方肯定也會有不足之處，那么小程序存在什么缺點。

1、留存

雖然有部分小程序已經殺出重圍，但是普遍來講，主打“即用即走”的小程序在用戶留存上仍存在很大的提升空間。小程序的平均次日留存在13%左右，但是雙周留存驟降到僅有1%。輕易擁有的也不在意失去，這大概是小程序目前的一個癥結所在。

2、受控于微信

比起APP，尤其是安卓版的高自由度，小程序要面對很多來自微信的限制，從功能接口，甚至到類別內容，都要接受微信的管控，部分敏感內容還很容易遭受封禁威脅。

3、不能完成復雜的工作

小程序不等于原生App，它畢竟大小只有1 M，再如何變也不能完全滿足所有用戶的需求。尤其是一些娛樂、文檔、游戲的重度需求，小程序的架構無法承載。更多只是作為原生App的補充和功能移植。

4、封閉的體系

小程序的整個體系是封閉的，從代碼編輯器到調試環境到運行環境，全都是騰訊出的，而且目前來看全是閉源方案。包括后期的上線審核，可搜索的關鍵字設置等等方面，全都是騰訊一家說了算。